A história gira em torno de Kaname Madoka, uma adorável e normal estudante de 14 anos que tinha uma vida totalmente normal, amigas e família também inteiramente normais, mas que vê sua vida revirada quando Akemi Homura, uma garota séria, é transferida para sua classe e a alerta sobre as consequências de ser alguém gentil. Ao mesmo tempo que sua aparição, surge também na vida de Madoka uma criatura estranha chamada Kyubei que oferece a ela e às suas amigas a realização de seu desejo, contanto que elas se tornem Puellas Mágicas e passem a lutar contra as bruxas.
No entanto, Madoka vai começar a perceber que as consequências da realização de um desejo poderão ser severas e que ela tem um grande papel nisso tudo, ela está destinada a ser a mais forte Puella Mágica e, consequentemente, a fazer um grande sacrifício.
